Антропологический музей МГУ был созданный в 1883 году по инициативе профессора Богданова А. П. на базе экспонатов Этнографической выставки 1867 года и I Антропологической выставки 1879 года. В настоящее время Музей является подразделением Института антропологии Московского государственного университета, организованного в 1923 году.
С 1883 года экспозиция и коллекции временно размещались в здании Исторического музея, и только 1907 году Московский университет смог разместить экспозицию и коллекции в своем здании. В предвоенные годы музей имел стационарную экспозицию в трех залах, проводил массово-просветительскую и научно-методическую работу. Сохранив в годы Великой Отечественной войны свои основные фонды, уже в 1945 году музей открыл для посетителей восстановленный зал антропогенеза.
Основная экспозиция «Происхождение человека» была создана в 1960–1962 годах, однако много раз с тех пор подвергалась обновлению в связи с последними открытиями в области эволюционной антропологии. В 2000–2003 годах была создана учебная экспозиция, посвященная биологическому и культурному многообразию человечества. В связи с ремонтом здания на Моховой, экспозиционная деятельность временно прекращена, однако проводится большая работа по разработке проекта обновления музея.
